そういった「腸内細菌叢が健康な状態から逸脱した状態」をDysbiosis（ディスバイオーシス）とよび、多くの疾患の発症や進展のマーカーと考えられてきました。しかし健康な人でも腸内細菌のばらつきがみられることが分かってきました。
DysbiosisはSIBO（シーボ）やリッキーガット症候群という新しい疾患概念を引き起こすことが知られています。
SIBOとは小腸内での腸内細菌の異常増殖が起こすことで、便秘や下痢といった直接的な不調はもちろん、脳腸相関によって心に悪影響を与えることもあります（うつ、不眠など）。また過敏性腸症候群（IBS）と高率に合併することも知られています。
また腸管にはもともとバリア機能が働いていますが、このSIBOやDysbiosisによりこのバリア機能が低下すると、腸内細菌そのものやその一部、また食べ物自体が分解されないまま、血中に入ってしまい、糖尿病や食物アレルギーやアトピーといった疾患の原因にもなっているのではないか、と言われております。