1989年にBritish Medical Journalに掲載されたStrachanよる報告から始まった「衛生仮説」で、ペットや大家族、農場、食物繊維、発酵食品がアレルギー発症のリスクを下げる因子として知られており、幼少期の微生物への暴露が免疫の発達につながると考えられています。（決して不衛生な環境がいいわけではありません。）

またアレルギーとプロバイオティクスの研究で、妊娠中、またその後の乳児期の母親のプロバイオティクスの摂取がアトピー性皮膚炎の発症を抑制される可能性が報告されています。（ただしそのほかのアレルギー疾患では効果的な報告がなく、推奨度はいまのところ低いです。）

これには腸内細菌が食物繊維を代謝・分解して産生される酪酸という物質が関与しており、腸管関連リンパ組織を介してIL-10産生制御系T細胞（Treg（ティーレッグ細胞））の分化を活性化、免疫寛容を維持、つまり炎症を抑制しアレルギー発症を予防するといわれています。

この酪酸を増やすには酪酸菌の摂取やその餌になる食物繊維の摂取が重要になる可能性があります。
腸内細菌がアトピーなどの治療に良いかはこれからの研究になりますが、少なくとも悪影響になることはありません。お腹の中から肌や全身の健康を見直してみてはいかがでしょうか。